По благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия в 1993 году в селе Маклаково был открыт православный приход храма во имя святого благоверного князя Александра Невского. Священником возрождающегося прихода был назначен клирик храма Архангела Михаила г. Талдома иерей (впоследствии протоиерей) Василий (Соловьев), который по настоящее время является служащим священником Александровского женского монастыря. В этот период начались работы по восстановлению собора Александра Невского, а богослужения совершались в комнате жилого дома (бывший сестринский корпус), переоборудованной под домовую церковь.
Согласно рапорту митрополита Ювеналия от 21 марта 1996 года Священный Синод благословил открытие Александровского женского монастыря в селе Маклаково, преобразовав его из ранее действующего прихода, и назначил насельницу Свято-Троицкого Ново-Голутвина монастыря монахиню Елизавету (Семенову) настоятельницей. 25 марта 1996 года монахиня Елизавета и несколько сестер Ново-Голутвина монастыря приехали в село Маклаково возрождать Александровскую обитель.
К моменту открытия монастыря у собора была покрыта крыша прохода между колокольней и центральной частью храма, и начаты работы по замене покрытия куполов, но собор в это время еще представлял собой огромный котлован, в котором стояла вода. В сестринском деревянном корпусе, который находился в аварийном состоянии, проживали люди, но часть помещений, малопригодных для проживания в них людей, пустовало, и дом был передан монастырю в долгосрочную аренду. Здание почты, также в крайне аварийном состоянии, было передано монастырю сразу после его открытия. Помещение кирпичного здания с домовой церковью продолжало использоваться как база отдыха, но через некоторое время каменный корпус был передан монастырю, и в нем немедленно началось восстановление домовой церкви Божией Матери «Утоли моя печали». В 1997 году на месте полуразвалившихся сараев с помощью администрации района был построен новый настоятельский корпус.
В 1996 году исполнилось 100 лет со времени введения первой в истории монастыря настоятельницы в управление Александровской общиной. Ко дню главного престольного праздника монастыря, дню памяти святого благоверного князя Александра Невского, который совершается 12 сентября нового стиля, в соборе были настелены черновые полы, вставлены окна, был установлен временный иконостас. В этот праздничный день торжественное богослужение в возрожденном соборе совершал Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.
